حفظ باکتری‌های مفید روده یکی دیگر از فواید نخودچی به‌شمار می‌آید. نخودچی حاوی پری‌بیوتیک‌های مفیدی است که با تغذیه این باکتری‌ها موجب سلامت میکروبیوم روده می‌شوند و از بروز مشکلاتی مانند سندروم روده تحریک‌پذیر جلوگیری می‌کنند.