یکی از مهم ترین فواید کفیر، وجود پروبیوتیک و پری بیوتیک های آن است. کفیر حاوی حدود ۳۰ میکروارگانیزم مختلف بوده که آن را تبدیل به منبع غنی پروبیوتیک در مقایسه با سایر محصولات لبنی تخمیرشده می نماید.