اجرای طرح پرداخت بر اساس عملکرد در بیمارستان‌های قم چالش‌ها و اعتراضاتی به وجود آورده اما مسئولان دانشگاه علوم پزشکی قم می‌گویند باید رفع مشکلات این طرح نوپا صبر کرد.