برخی از اعضای پژوهشکده حفاظت خاک و آبخیزداری معتقدند پژوهشکده آبخیزداری و موسسه جنگل ها هیچ تناسبی با یکدیگر ندارند و ادغام این دو مجموعه به مصلحت مملکت و خصوصا بدنه نحیف و آسیب دیده کشاورزی و منابع طبیعی نیست.