کمبود ویتامین B۱۲ یکی از عوامل کمتر شناخته‌شده‌ای است که می‌تواند در افزایش خطر سکته مغزی نقش داشته باشد. ویتامین B۱۲ یک ماده مغذی مهم است که در برخی مواد غذایی یافت می‌شود. تحقیقات نشان می‌دهد که دریافت ناکافی ویتامین B۱۲ می‌تواند منجر به سکته مغزی در سنین مختلف، حتی در کودکان شود. ارتباط بین کمبود ویتامین B۱۲ و سکته مغزی شامل یک فرآیند چند مرحله‌ای است. کمبودهای غذایی ویتامین B۱۲ باعث افزایش ماده شیمیایی به نام هموسیستئین می‌شود. هموسیستئین بیش از حد در بدن، دو مشکل اساسی را ایجاد می‌کند. یکی از این مشکلات التهاب رگ‌های خونی و مشکل دیگر فرآیندی به نام استرس اکسیداتیو است.