مالیات بر ارزش افزوده و نحوه اجرای آن یکی از مشکلات تولیدکنندگان صنایع غذایی است که بحث آن نخستین بار از سال ۱۳۷۸ به صورت آزمایشی آغاز شد. بر اساس این قانون، مالیات دریافتی در طول زنجیره مصرف دریافت می‌شود.