یکی از مهمترین چالش های فارغ التحصیلان و دانشجویان رشته مهندسی کشاورزی در مقاطع مختلف تحصیلی از کارشناسی تا دکتری، اشتغال است. کشاورزی و منابع طبیعی همواره از بالانشینان جدول رشته های تحصیلی دارای بیشترین آمار بیکاری در ایران بوده است.