معاون محیط زیست دریایی سازمان حفاظت محیط زیست، صید بی رویه و کاهش شدید ذخایر آبزیان ، ورود گونه های مهاجم غیر بومی، تخریب سواحل و جزایر و نابودی زیستگاه های حساس، قاچاق گونه های در معرض خطر انقراض، بهره برداری بیش از توان زیستی مناطق ساحلی-دریایی، ورود انواع پسماندها بخصوص پسماندهای پلاستیکی به دریا را از مهمترین چالش های محیط زیستی خلیج فارس و دریای عمان برشمرد.