وقتی قرص پروبیوتیک می‌خورید، ارگانیسم‌های ریز موجود در قرص در روده‌های‌تان ساکن شده و بخشی از میکروبیوم‌تان می‌شوند. اما برخی مطالعات نشان داده‌اند بلعیدن یک قرص حاوی پروبیوتیک‌ها به اندازه‌ی اصلاح میکروبیوم از طریق رژیم غذایی موثر نیست.