وظیفه اصلی آزمایشگاه مواد غذایی حفاظت از سلامت عمومی جامعه با تجزیه و تحلیل مواد غذایی، نوشیدنی ها، خوراک دام و غذای حیوانات خانگی با انجام آزمون های میکروبی، اندازه گیری فلزات سنگین، آفت کش ها، سموم قارچی و دیگر آلاینده های مواد غذایی می باشد.